欧盟环境委员会的官员已承认：欧盟未能预见到因制定生物燃料发展目标（即到2020年10%的燃料来自生物燃料）而带来的环境和社会问题。最近，有几份报告提出警告：扩大生物燃料生产会导致粮价上涨和雨林的毁坏。欧盟已承诺：新的生物能源发展指南要避免这些问题。

 欧盟环境委员会委员Stavros Dimas说：由于该目标对穷人和环境造成危害，与其有目标还不如没有目标好。“我们已注意到生物能源引发的环境和社会问题，并且这些问题比想象的还要严重。我们必须认真对待，要有可持续的标准，包括社会与环境问题。”他还说：欧盟应该引入生物燃料认证制度，取缔用棕榈油加工生物燃料，因为棕榈油的生产与利用正在刺激印尼的毁林。

Dimas表示，欧盟保护生物多样性的准则至关重要，欧盟将这一准则视为与世界上其他重大问题如气候变化一样重要。

最近，英国皇家协会发表了关于生物燃料的重要评论，呼吁欧盟在制定生物燃料发展目标时要确保欧洲国家的生物燃料基本解决二氧化碳的释放问题。